Na Segunda Guerra Mundial, os japoneses tinham a habilidade de desvendar todos as transmissões militares codificadas, atrasando dramaticamente o progresso americano. Finalmente, em 1942, várias centenas de índios navajos americanos foram recrutados como fuzileiros e treinados para usarem um código militar secreto baseado em sua língua nativa. Esses fuzileiros foram chamados de "codificadores". O código deles foi o único a nunca ser decifrado pelos japoneses — e considerado fundamental para os Estados Unidos vencerem a guerra.
Em Códigos de Guerra, durante a Batalha de Saipan, os fuzileiros Joe Enders e Ox Anderson são destacados para proteger os "codificadores" Ben Yahzee e Charlie Whitehorse. Suas ordens são para manter estes homens em segurança. No entanto, se um "codificador" cair em mãos inimigas, eles "têm de proteger o código a qualquer custo". Relutantemente, os homens acabam se tornando amigos, até o momento em que são obrigados a tomar uma terrível decisão: se não podem proteger seus colegas fuzileiros, até onde terão que chegar para proteger o código?